Não tenho a certeza do que vou dizer... mas é o que me parece mais lógico:
As naves com motor de combustão demoram 30 minutos a aquecer os motores, logo, temos sempre que contar com 1 hora nas missões de ida e volta e 30 minutos nas missões só de ida.
Assim sendo, a percentagem está relacionada com o tempo de viagem após o arranque.
Por exemplo:
Uma frota com motores de combustão que a 100% demore 40 minutos para cada lado (num total de 1h20 de viagem), a 50% demorará 50 minutos para cada lado (num total de 1h40 de viagem), visto que o tempo que é influenciado pela percentagem são apenas os 10 minutos de "viagem efectiva" (30 minutos é o tempo de arranque dos motores no início de cada viagem).