A Nave Mãe só permite ser colocada a evoluir quando não possuis nada em construção nem no hangar nem no armamento, portanto fica sempre como 1º item da lista. Tudo o que mandas fazer da nave mãe é considerado como apenas uma linha intitulada de encomenda.
Portanto, como sabes, o que é roubado é o que está para além do 1º item então as evoluções da nave mãe nunca podem ser "destruídas"/"roubadas".
Caso tenhas naves em lista de espera (além da encomenda da nave mãe que se encontra a fazer) então aí essas naves irão sofrer o comportamento normal do roubo.
Se não fui claro, avisa que tento explicar melhor.
