Pelo que me lembro, quando uma colónia é abandonada, apenas os edifícios (e pesquisas) desaparecem. Se atacarem uma região com unidades lá, essas unidades defendem-se, mas com tecnologias todas a 0.
Quanto a aproveitarem-se disso para coisas indevidas, temos mecanismos para detectar isso muito bem, hehehe...